Satamaseurakunta tekee lähetystyötä osallistumalla rukouksin ja taloudellisesti Ateenassa toimivan Helping Hands -järjestön toimintaan. Helping Hands palvelee etupäässä Lähi-Idästä saapuvia pakolaisia. Sen päiväkeskukset tarjoavat tulijoille mahdollisuutta peseytymiseen, pyykinpesuun, ruokailuun, keskusteluun ja kielen oppimiseen. Kaikki tapahtuu kristillisen rakkauden hengessä. Toiminta tavoittaa viikoittain satoja pakolaisia.

Lähetystyötä koordinoi seurakunnassa lähetystiimi, jota johtaa Anni Sipilä.